公廁不乾淨與簡陋最為人詬病，其中被台南市環保局評鑑為普通級的公廁，以廟宇、市場的廁所最多。首廟天壇一改舊有印象，打造藝術風的冷氣公廁；萬年殿市場廁所也徹底翻轉，成為有特色造型的現代化廁所，上廁所也能營造幸福感。
台南市環保局副局長林健三表示，公廁有如國家、城市的門面，是觀光客最在意的公共空間，環保署對公廁的3項基本要求是不濕、不髒、不臭，今年更力推衛生紙丟馬桶，廁所內不要有垃圾桶，營造舒適、乾淨的廁所。
今年台南市環保局結合文化局、觀光局等局處提出改善公廁計畫，向環保署爭取2000多萬補助。林健三表示，每年對公廁實施評鑑，其中廟宇、市場的公廁最受詬病，多被列為普通級，其中部分廟宇的廁所仍簡陋，仍採一條溝式。對於市場公廁未來會逐年編列預算改善，至於私人財產的廟宇，會加強稽查，促使改善。
台南市中西區首廟天壇8年前打造新穎、舒適的廁所，去年底增添藝術風且有冷氣的女性專用廁所，信徒認為有如走進大飯店、百貨公司的廁所，最近天氣酷熱，進入廁所成為享受，想多待一會兒。
南區萬年殿市場有兩處公廁，常髒臭不堪，很受批評。去年與今年陸續改建後，加上落實清理，已揮別老舊和髒臭，其中北側廁所造型帶有藝術風，讓人耳目一新。灣裡聯合活動中心一樓廁所也改善，還有鳥叫等音樂，民眾都說迷人。